發燒或正患有急性中重疾病者
發燒時體內的免疫系統正努力地對付病菌的侵襲，而流感疫苗是由死病毒製成的不活化疫苗，雖然不會因為接種流感疫苗而感染流感，但若在發燒時接種疫苗，會讓免疫系統偵測到有更多病毒入侵。如此一來免疫系統會更加速運作，可能會影響預防疫苗的效果，患者也會有更多不適的症狀，建議待病情穩定後再接種。
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出生未滿6個月嬰兒
目前仍沒有流感疫苗在未滿六個月新生兒的使用效益及安全性等臨床資料，故不予接種。
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過去接種流感疫苗6週內曾發生格林─巴利症候群（Guillain-Barré，GBS）者
接種流感疫苗後可能出現副作用，輕微者如注射部位出現疼痛、紅腫、全身性的反應（皮膚搔癢、蕁麻疹、發燒、頭痛、肌肉酸痛、噁心等）。嚴重的副作用可能出現過敏性休克等等，但此種嚴重副作用發生的機率較小。
極少數曾發生過如神經系統症狀、血液系統症狀等不良事件。而經研究證實，2009年H1N1新型流感疫苗與部分季節性流感疫苗，可能和格林─巴利症候群（Guillain-Barré，GBS）有關外，少有其他數據證明其他不良事件與接種流感疫苗有關。
因此，若過去接種流感疫苗有發生過格林─巴利症候群（Guillain-Barré，GBS），宜請醫師評估是否適合接種。
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已知對「蛋」之蛋白質有嚴重過敏者
若對雞蛋過敏大多在接觸後30分鐘內發生，常見症狀是皮膚出疹與搔癢。依現有針對雞胚胎蛋培養製造法之不活化流感疫苗研究顯示，對於曾因吃蛋發生嚴重過敏症狀者，仍可在門/住診由熟悉處理過敏症狀醫事人員提供接種，並於接種後觀察30 分鐘，無不適症狀再離開。
今年東洋的疫苗藥劑則是採用細菌培養，蛋過敏者也可自費選擇，較無過敏疑慮。
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經醫師評估不適合接種者
接種流感疫苗前，皆須先經醫師評估身體狀況。而除上述幾項外，若是有過敏體質的民眾，建議接種前先告知醫師，由醫師評估是否適合接種。
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流感疫苗可否和其他疫苗同時接種？
流感疫苗是不活化疫苗，可以和其他疫苗同時接種於不同部位、或間隔任何時間接種。
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流感疫苗是否可以完全抵抗流感？
其實不一定能100％有效抵禦流感。流感疫苗是醫學實證的有效保護，完成疫苗接種雖然不能完全預防流感，卻能在感染病毒時，減少症狀和發生嚴重併發症風險，降低住院和死亡機率。
雖然疫苗可以有效降低感染流感病毒的機率，但還是有可能感染非病毒感染的疾病（如呼吸道疾病）。所以平常還是要做好個人衛生保健及各種預防措施，例如常洗手，打噴嚏或咳嗽用手帕或袖子掩蓋口鼻，若出現感冒或疑似流感症狀，少出現在公共場合，或是時刻配戴口罩。
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